La création d’une Réserve Naturelle Régionale est actée par le Président du Conseil Régional, après validation du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel. Le Président du Conseil Régional, en tant qu’autorité administrative, constitue un comité consultatif et désigne un organisme gestionnaire. Un cofinancement conséquent est apporté par la Région pour aider à la gestion du site. D’autres collectivités peuvent contribuer financièrement au fonctionnement des Réserves. C’est le cas du Conseil général de la Loire sur la RNR des Jasseries de Colleigne.
Le comité consultatif
C’est l’organe central du processus de concertation. Il rassemble les différents acteurs locaux du site (propriétaires, représentants des usagers, collectivités territoriales, services de l’Etat, associations de protection de la nature et personnalités scientifiques).
Ce comité consultatif, présidé par un-e élu-e régional-e, oriente et propose auprès de la Région la politique de gestion de la réserve.
L’organisme gestionnaire
Il élabore et met en œuvre le plan de gestion pour assurer la préservation des enjeux patrimoniaux. Il coordonne notamment l’accueil et l’information du public, les suivis scientifiques, la réalisation d’actions de génie écologique, la surveillance et les missions de police de l’environnement, et de manière générale, toute action utile à la vie de la réserve naturelle.
Sur la RNR des Jasseries de Colleigne, c'est le Conservatoire d'espaces naturels Rhône-Alpes (Cen Rhône-Alpes) qui a été désigné comme organisme gestionnaire (depuis 2009). L’équipe qui travaille sur la réserve est composée de professionnels de l’environnement et s’organise autour de trois grands métiers : conservateur (chargé de projets), chargé d’études et technicien travaux. Le Conservatoire s’entoure également de partenaires à qui il confie certaines actions nécessitant une expertise précise : études, suivis scientifiques, missions de police de l’environnement…
Le plan de gestion est le véritable document de référence et d’orientation. Résultat d’un travail de concertation avec tous les acteurs, il identifie les enjeux (écologiques, socio-économiques, etc.) et propose des objectifs de gestion adaptés. Il est élaboré par les gestionnaires de la réserve pour une durée de 5 ans.
Le conseil scientifique
Les réserves naturelles régionales peuvent également mettre en place un conseil scientifique composé d’experts dans des domaines variés en lien avec les enjeux de la réserve. Ils assistent les gestionnaires et le comité consultatif sur des problématiques scientifiques, sur des questions d’impacts ou sur toute autre action exercée sur le site. Le Cen Rhône-Alpes possède son propre Conseil scientifique qui peut être amené à intervenir dans ce cadre sur la RNR.