Plusieurs types de zones humides sont présentes sur le territoire.
Les prairies humides (prairies à canche, pelouses humides à nard, prairies à Molinie) ne couvrent pas de grandes surfaces sur le secteur. Elles sont essentiellement présentent en bordure des tourbières ou en mosaïque avec les anciennes fumades.
Des mégaphorbiaies (formation végétale à hautes herbes) sont également ponctuellement croisées à la lisère des bois ou en pourtour des sources dans le secteur subalpin. Les espèces dominantes sont ici le Doronic d’Autriche (Doronicum austriacum), l’Adénostyle à feuilles d’alliaire (Adenostyle alliarae), le Vérâtre (Veratrum album), l’Ail de la victoire (Allium victorialis) et diverses fougères dont le Blechnum en épi (Blechnum spicant) et la Fougère femelle (Athyrium filix-femina).
Les zones humides les plus représentées sur la Réserve restent les tourbières (hautes et basses).
Elles couvrent 10 % de la surface d’étude et contribuent pour une large part à l’intérêt botanique de la Réserve car elles hébergent de nombreuses espèces protégées et/ou rares.
Les tourbières hautes présentent des accumulations de sphaignes qui peuvent former un dôme. Ces habitats sont plus ou moins « actifs » c’est-à-dire qu’il existe des secteurs où la turfigenèse (formation de la tourbe) est encore très active, encore très humides, et où la colonisation arbustive est, de ce fait, limitée et des secteurs où la dynamique de la tourbière est plus avancée. Des buttes de sphaignes se sont érigées suffisamment haut pour constituer un substrat moins humide et où les arbustes comme la Callune peuvent s’installer. Au cœur des secteurs évolués peuvent apparaître des dépressions tourbeuses. Elles sont dues à un effondrement de la sphaigne, formant des dépressions plus humides. Leur végétation se rapproche plutôt de celle des bas-marais. Elles peuvent abriter une espèce rare : le Lycopode inondé (Lycopodiella inundata).
On trouve sur les tourbières hautes les communautés à Trichophorum cespitosum (Scirpe cespiteux) qui peuvent couvrir des surfaces importantes, accompagné d’Eriophorum vaginatum (Linaigrette engainante), caractéristique avec ses pompons blancs cotonneux.
Les hauts marais sont souvent entourés de ruisselets ceinturant les tourbières et dont les bordures abritent des communautés végétales proche des tourbières basses avec notamment des laîches comme Carex echinata et 2 plantes carnivores : Drosera rotundifolia et Pinguicula grandiflora.
Les bas-marais acides ou tourbières basses, au sens strict, ne présentent pas d’accumulation de sphaignes. Ces dernières peuvent être présentes, mais en quantité moins importante que dans les tourbières hautes.
On trouve ces milieux le long des ruisselets et en mosaïque avec des tourbières hautes. Ils sont caractérisés par la présence de Carex nigra. On peut y trouver une espèce rare : Carex limosa.
Ces milieux très humides sont également favorables à la plupart des lépidoptères du site ainsi qu’aux odonates.