En fonction des enjeux, de la situation géographique et du contexte local, le classement en réserve naturelle est opéré par l’État, par la Région ou par la collectivité territoriale de Corse. Chaque réserve naturelle est ainsi placée sous l’autorité administrative :
– du Préfet pour les Réserves Naturelles Nationales
– du Président du Conseil régional pour les Réserves Naturelles Régionales
– du Président de la collectivité territoriale de Corse pour les Réserves Naturelles de Corse
L’ensemble de ces réserves forment le réseau « Réserves Naturelles de France » (RNF). 
Une règle reste commune à toutes les réserves naturelles : leurs territoires ne peuvent être ni détruits, ni modifiés dans leur état ou dans leur aspect.

La Région Rhône-Alpes compte actuellement 13 Réserves Naturelles Régionales (RNR) qui couvrent une surface totale d’environ 2200 hectares.