Il fréquente les sols décapés des dépressions tourbeuses ou les bas-marais en bordure du bombement de haut-marais (« lagg ») toujours bien inondés. Il fait parti des plus anciens végétaux de notre flore (quelques millions d’années de présence) comme tous les lycopodes (plantes proches des fougères). En forte régression en France, cette espèce est menacée par les assèchements des tourbières. En Rhône-Alpes, le lycopode inondé est peu répandu (COÏC et al., 2000). Dans la Loire, une dizaine de localités existent, en majorité dans le Forez.
Sur la zone d’étude, le lycopode inondé est présent sur 3 stations. Les stations sont souvent localisées sur quelques m².