La diversité des biotopes fait de la RNR des Jasseries de Colleigne un site intéressant pour la faune.

Au niveau des oiseaux, la Réserve reflète la diversité des milieux qui la composent : espèces des rochers comme le traquet motteux ; de landes et prairies comme l’alouette des champs, le tarier des prés ; de milieux semi boisés comme l’alouette lulu et de boisements comme le grimpereau des bois, voire de vieux boisements en fond de vallée comme le pic noir. On recense aussi des espèces qui nichent à proximité ou dans la vallée et qui utilisent le site pour chasser, notamment des rapaces : busard cendré, bondrée apivore, le circaète Jean-le-Blanc, le milan noir, le milan royal... Ce sont en tout 65 espèces d’oiseaux qui ont été recensées.

Damier de la Succise (Euphydryas aurinia)

Côté insectes, parmi les 121 espèces de papillons recensées sur la Réserve, deux espèces patrimoniales ont été notées : le damier de la succise (Euphydryas aurinia) et le nacré de la canneberge (Boloria aquilonaris), tous 2 liés à des fleurs spécifiques de la Réserve.

La présence de zones d’eau libre, notamment sur les tourbières, est favorable à la présence des odonates (libellules) dont 5 espèces rares fréquentent la zone.

Les prairies de montagnes, hébergent le rare barbitiste ventru Polysarcus denticauda, grosse sauterelle considérée comme menacée à l’échelle nationale.

Les vieilles forêts sont le territoire des coléoptères saproxylophages (qui mangent le bois mort), alors que les pâtures abritent des coléoptères coprophages, en charge de décomposer les bouses et crottins... Trois espèces de coléoptères endémiques du Massif Central ou du centre de la France sont présentes sur le site à ce jour.

Le lézard vivipare

Mammifères, reptiles et amphibiens viennent compléter ce riche patrimoine naturel. On note, par exemple, la présence de la vipère péliade (Vipera berus), en forte régression au niveau régional. Elle est peu fréquente sur la Réserve contrairement au lézard vivipare (Lacerta vivipara) qui est relativement abondant sur tous les secteurs tourbeux de la RNR, également fréquentés par la grenouille rousse. Les amenées d’eau autour des jasseries et les petits ruisseaux traversant la Réserve sont le terrain de prédilection du campagnol amphibie et de la musaraigne aquatique. Toutes ces espèces sont protégées en France.